Los arrecifes coralinos de Santa Marta y el Parque Nacional Natural Tayrona son de los ecosistemas más importantes para el área marina del departamento del Magdalena y del Caribe colombiano. Estos arrecifes se consideran marginales para el desarrollo coralino dadas las condiciones climáticas contrastantes entre afloramiento costero de aguas frías, descargas continentales y una línea costera de alta pendiente muy expuesta al oleaje. Sin embargo, estas condiciones han permitido una gran concentración de biodiversidad, producción biológica y parece ser refugio para corales y otras especies frente al cambio climático.
Las principales causas del deterioro coralino son el cambio climático con sus eventos extremos de descargas continentales, tormentas y calentamiento, las descargas de aguas servidas y escorrentía, el turismo descontrolado, los residuos sólidos, la sobrepesca y extracción de fauna y flora y las especies invasoras. Para el Caribe, la gran pérdida de cobertura coralina ocurrió a finales de la década de 1970 e inicios de 1980 y, en el Magdalena fue mayor hacia la ciudad de Santa Marta que en el corazón del Tayrona. Esta pérdida ocasionó disminución de la biodiversidad y en los servicios ecosistémicos, afectando la calidad de vida de las comunidades locales y generando conflictos sociales y ambientales.
Estos conflictos impulsaron la generación del Plan Maestro de Protección y Restauración del PNN Tayrona; pero, a pesar de los significativos esfuerzos de investigación, aún existen vacíos de información científica que aporte a la caracterización de los factores bióticos y abióticos que influyen en el desarrollo y salud coralina y, así entender cómo actúan y vislumbrar vías de recuperación.
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